Si un cristal est parfaitement ordonné en 3D, la création des défauts est inévitable : substitution d’atomes, création de lacunes, macles, glissements de plans.

La perovskite ABX₃ est un bon exemple d’écarts de structure avec l’étude des ordres des charges mais aussi celui des orbitales concernées. Les groupes CO₃, BO₃, NO₃ s’invitent dans les structures des cuprates supraconducteurs à haute température critique SHTc tels que l’exemple célèbre du (YBa₂) Cu₃O_7-α avec Tc = 94K avec une structure cationique déficitaire en oxygène. Les matériaux multi-ferromagnétiques tels que LuFe₂O₄ sont aussi caractérisés par des modifications des répartitions des charges Fe²⁺ et Fe³⁺.